Подготовка по магистерской программе «Технологии автоматизации промышленных систем» является важнейшим направлением деятельности департамента. Она включает фундаментальное техническое образование для большинства работников предприятий машиностроительной, авиастроительной, энергетической, автомобилестроительной и смежных отраслей. Магистр по автоматизации промышленных систем – это лицо, организующее разработку и внедрение прогрессивных, экономически обоснованных, ресурсо- и природосберегающих технологических процессов и режимов производства, обеспечивающих повышение уровня технологической подготовки и технического перевооружения производства, сокращение расходов сырья, материалов, затрат труда, улучшение качества продукции, работ (услуг) и рост производительности труда.

Учебный процесс направлен на углубленное изучение базовых дисциплин, при этом большое внимание уделяется подготовке в конкретной области автоматизированного машиностроения, получению педагогических и управленческих знаний, а также прикладных навыков и умений. Студенты изучают как теоретические, так и прикладные профессиональные дисциплины. С первого курса происходит интенсивное погружение в профессию. У студентов формируются базовые знания в профессиональной области на основе изучения практико-ориентированных дисциплин. Завершается обучение сдачей государственных экзаменов и защитой выпускной квалификационной работы. Занятия по специальным дисциплинам проводятся в аудиториях, оснащенных техническими средствами обучения, что значительно упрощает усвоение материала, расширяет возможности проведения классических лекционных занятий. Аудиторный фонд насыщен наглядными пособиями по отдельным разделам изучаемых дисциплин и натурными образцами.

В период обучения студенты проходят практику на базе департамента машиностроения и приборостроения, на предприятиях: - «Жуковский машиностроительный завод»; - «Наро-Фоминский машиностроительный завод»; - «ЭНИМС»; - Научно-технический центр «АПМ»; - НПО «Измерительная техника»; - «АК Рубин» и др. В результате прохождения ознакомительных, учебных и производственных практик студенты знакомятся с современной техникой, организацией и управлением предприятиями, а также новейшими методами научных исследований. Департамент сотрудничает с ведущими российскими вузами – «МГТУ им. Баумана», «МИСИС, «МГТУ "Станкин"», «РГУ нефти и газа (НИУ) имени И.М. Губкина», НПО «Сплав» и предприятиями машиностроения.