Выпускники, освоившие программу, работают в качестве сотрудников и исследователей в научных и образовательных организациях, лабораториях химической, биохимической, химико-фармацевтической промышленности, в организациях и фирмах, связанных с производством, анализом и контролем качества, и реализацией химической продукции, в научно-исследовательских институтах, в фармацевтических фирмах и предприятиях, а также в химико-технологических отделах заводов и фабрик. Полученные знания могут найти применение в экологии, аграрном секторе, в области переработки и сертификации пищевых и лекарственных растений. Кроме того, химик со степенью магистра может заниматься преподаванием в школе, вузе или колледже.
Более 80% выпускников продолжают свою карьеру в зарубежных университетах и институтах Российской академии наук (в аспирантурах ИОНХ РАН, ИНХС РАН, Университета штата Юта, США и т.д.) в лабораториях научных центров, ведущих исследования в области химии, биохимии, геохимии, нефтехимии, экологии, фармацевтики (ООО «Гемакор», Испытательной лаборатории «Алба-тест», ПАО «Лукойл», ООО «KRKA ФАРМА», «Procter&Gamble», ОАО «ВНИИМ», МГУП Мосводоканал, Mass Spectrometry Consulting Ltd и т.д.), в исследовательских и аналитических лабораториях различных производств (SERDIX pharmaceutical plant, ООО «Пфайзер», ЗАО «БАЙЕР» и т.д.), а также в учреждениях системы высшего и среднего профессионального образования (РУДН, РГАУ МСХА, МГАКХиС, Denis' School).