Выпускники магистратуры данного профиля подготовки могут работать в отделах контроля качества фармацевтических предприятий, в центрах и контрольно-аналитических лабораториях, где проводятся исследования лекарственных средств, фитопрепаратов, биологически активных веществ для выявления несоответствий стандартам качества. Сфера деятельности выпускников будет распространяться также на научно-исследовательские институты и фармацевтические фирмы, занимающиеся разработкой и внедрением новых лекарственных препаратов.
Полученные знания могут найти также применение в экологии, аграрном секторе, в области переработки и сертификации пищевых и лекарственных растений.
Кроме того, химик со степенью магистра может заниматься преподаванием в школе, вузе или колледже.
Более 80% выпускников продолжают свою карьеру в зарубежных университетах и институтах Российской академии наук (аспирантура ИОНХ РАН, ИНХС РАН, Университета штата Юта, США и т.д.); лабораториях научных центров, ведущих исследования в области химии, биохимии, фармацевтики, экологии, (ООО «Гемакор», Испытательная лаборатория «Алба-тест», ООО «KRKA ФАРМА», «Procter&Gamble», Mass Spectrometry Consulting Ltd и т.д.); исследовательских и аналитических лабораториях различных производств (SERDIX pharmaceutical plant, ООО «Пфайзер», ЗАО «БАЙЕР» и т.д.); учреждениях системы высшего и среднего профессионального образования (РУДН, РГАУ МСХА, МГАКХиС, Denis' School).